CoFGen - ein Datenportal für die Forschung zur funktionellen Genomik in COVID-19

 

Zu den Datensätzen

Während der COVID-19-Pandemie gehörten deutsche Forschungsgruppen zu den aktivsten Beitragenden in der Erforschung der verschiedenen mit der Pandemie verbundenen Themen. Um die Speicherung dieser Daten zu zentralisieren und eine Kultur des Datenaustauschs zu etablieren, wurde CoFGen - das Deutsche Datenportal für Funktionale Genomik in COVID-19 - ins Leben gerufen. Entwickelt wurde es von einem Team am Deutschen Zentrum für Neurodegenerative Erkrankungen (DZNE) in Bonn und am LIMES Institut der Universität zu Bonn, in Zusammenarbeit mit GHGA, der Deutschen COVID-19 Initiative (DeCOI), dem Lung Biological Network des Human Cell Atlas (HCA) und FASTGenomics (FG).

Das Ziel von CoFGen ist es, RNA-Sequenzierdatensätze und -Analysen von deutschen Forschungsgruppen zu sammeln und diese für andere Forschungsgruppen einfach verfügbar zu machen. Dabei werden die FAIR-Prinzipien befolgt und die DSGVO-Konformität garantiert. Gleichzeitig soll die Erforschung der Auswirkungen von COVID-19 auf das menschliche Immunsystem vorangetrieben werden

 

Schwerpunkte von CFGen

Die funktionelle Genomik untersucht das Zusammenspiel von Genen, Signalwegen und Genprodukten. Dafür werden Transkriptome, die Gesamtheit der RNA-Moleküle, die zu einem bestimmten Zeitpunkt in einer Zelle oder einem Gewebe exprimiert werden, sequenziert und analysiert. So lässt sich nachverfolgen, welche Gensequenzen zu welchem Zeitpunkt aktiviert werden.

CoFGen fokussiert sich auf Transkriptomdaten, welche zur Erforschung der Immunantwort auf eine SARS-CoV-2-Infektion erhoben wurden. Während der Pandemie wurden viele neue Erkenntnisse zur Rolle verschiedener Immunzellen bei der Abwehr von SARS-CoV-2 gewonnen. 

Um Daten und Ergebnisse nachvollziehbar zu machen, sammelt CoFGen nicht nur Einzelzell- und Massen-RNA-Sequenzierungsdatensätze, sondern auch Analyseworkflows. Alle Daten werden gemäß der FAIR-Prinzipien bereitgestellt, um den Datenaustausch zwischen Forschenden, die sich auf unterschiedliche Aspekte der Immunantwort auf SARS-CoV-2 und COVID-19 konzentrieren, zu unterstützen und die Forschung auf diesen Gebieten so vorantreiben

Datasets

Whole Blood or Combination of Whole Blood and PBMCs

  • First author(s): Joana P. Bernardes, Neha Mishra, Florian Tran
  • Contact person(s)

Philip Rosenstiel, Institute of Clinical Molecular Biology, Kiel University and University Medical Center Schleswig-Holstein, 24105 Kiel, Germany

  • Journal and Reference: Immunity. Volume 53, Issue 6, 15 December 2020, Pages 1296-1314.e9
  • doi: 10.1016/j.immuni.2020.11.017
  • number of cells
    • total: >358,000
  • sample donors
    • donors: 72
  • sequencing approach(es): scRNAseq, bulk RNAseq, DNA methylome (EPIC array)
  • Whole Blood + PBMCs
  • project page on FASTGenomics
  • First author(s): Jonas Schulte-Schrepping, Nico Reusch, Daniela Paclik, Kevin Baßler, Stephan Schlickeiser, Bowen Zhang, Benjamin Krämer, Tobias Krammer, Sophia Brumhard, Lorenzo Bonaguro, Elena De Domenico, Daniel Wendisch
  • Contact person(s)

Joachim L. Schultze, Life and Medical Sciences (LIMES) Institute, University of Bonn, Germany / German Center for Neurodegenerative Diseases (DZNE), PRECISE Platform for Genomics and Epigenomics at DZNE, and University of Bonn, Bonn, Germany

  • First author(s): Anna C. Aschenbrenner, Maria Mouktaroudi, Benjamin Krämer, Marie Oestreich, Nikolaos Antonakos, Melanie Nuesch-Germano, Konstantina Gkizeli, Lorenzo Bonaguro, Nico Reusch, Kevin Baßler, Maria Saridaki, Rainer Knoll, Tal Pecht, Theodore S. Kapellos, Sarandia Doulou, Charlotte Kröger, Miriam Herbert, Lisa Holsten, Arik Horne, Ioanna D. Gemünd, Nikoletta Rovina, Shobhit Agrawal, Kilian Dahm, Martina van Uelft, Anna Drews, Lena Lenkeit, and Niklas Bruse
  • Contact person(s):

Thomas Ulas, Systems Medicine, German Center for Neurodegenerative Diseases (DZNE), Bonn, Germany / PRECISE Platform for Single Cell Genomics and Epigenomics at the German Center for Neurodegenerative Diseases and the University of Bonn, Bonn, Germany

  • First author(s): Philipp Georg, Rosario Astaburuaga-García, Lorenzo Bonaguro
  • Contact person(s):

Birgit Sawitzki, Institute of Medical Immunology, Charité – Universitätsmedizin Berlin, Berlin, Germany

  • Berlin Institute of Health (BIH), Charité – Universitätsmedizin Berlin, Berlin, Germany
  • Journal and Reference: Cell. Volume 185, Issue 3, 3 February 2022, Pages 493-512.e25
  • doi: 10.1016/j.cell.2021.12.040
  • number of cells
    • total: 2-3 x105 PBMCs (cohort 1), 24 million by protein markers, >328,000 by scRNA-seq (cohort 2)
  • sample donors
    • donors: 306
  • sequencing approach(es): CyTOF, scRNA-seq
  • Whole Blood + PBMCs

Only PBMCs

  • First author(s): Benjamin Krämer, Rainer Knoll, Lorenzo Bonaguro, Michael ToVinh, Jan Raabe
  • Contact person(s):

Jacob Nattermann, Department of Internal Medicine I, University Hospital Bonn, Bonn, Germany / German Center for Infection Research (DZIF), Germany

  • First author(s): Yogesh Singh, Christoph Trautwein, Rolf Fendel
  • Contact person(s):

Yogesh Singh, Institute of Medical Genetics and Applied Genomics, University of Tübingen, Calwerstrasse 7, 72076, Tübingen, Germany / NGS Competence Center Tübingen (NCCT), University of Tübingen, Calwerstrasse 7, 72076 Tübingen, Germany / Research Institute of Women’s Health, University of Tübingen, Calwerstrasse 7/6, 72076, Tübingen, Germany

Olaf Riess, Institute of Medical Genetics and Applied Genomics, University of Tübingen, Calwerstrasse 7, 72076, Tübingen, Germany / NGS Competence Center Tübingen (NCCT), University of Tübingen, Calwerstrasse 7, 72076 Tübingen, Germany

  • Journal and Reference: Heliyon. 2021 Jun; 7(6): e07147
  • doi: 10.1016/j.heliyon.2021.e07147
  • number of cells
    • total: 200,000 (flow cytometry), 1–2 x106 PBMCs per participant
  • sample donors
    • donors: 15
  • sequencing approach(es): CyTOF, scRNA-seq

Other Samples

  • First author(s): Daniel Wendisch, Oliver Dietrich, Tommaso Mari, Saskia von Stillfried
  • Contact person(s):

Antoine-Emmanuel Saliba, Helmholtz Institute for RNA-based Infection Research (HIRI), Helmholtz-Center for Infection Research (HZI), Würzburg, Germany

Leif Erik Sander, Charité - Universitätsmedizin Berlin, Department of Infectious Diseases and Respiratory Medicine, Charité, Universitätsmedizin Berlin, Berlin, Germany/ German Center for Lung Research (DZL), Germany

  • First author(s): Carly G.K. Ziegler, Samuel J. Allon, Sarah K. Nyquist, Ian M. Mbano
  • Contact person(s):

Alex K. Shalek, Program in Health Sciences & Technology, Harvard Medical School & Massachusetts Institute of Technology, Boston, MA 02115, USA / Institute for Medical Engineering & Science, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA 02139, USA / Koch Institute for Integrative Cancer Research, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA 02139, USA / Ragon Institute of MGH, MIT, and Harvard, Cambridge, MA 02139, USA / Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA / Harvard Graduate Program in Biophysics, Harvard University, Cambridge, MA 02138, USA / Department of Chemistry, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA 02139, USA / Program in Computational & Systems Biology, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA 02139, USA / Program in Immunology, Harvard Medical School, Boston, MA 02115, USA / Harvard Medical School, Boston, MA 02115, USA / Harvard Stem Cell Institute, Cambridge, MA 02138, USA

Jose Ordovas-Montanes, Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA / Program in Immunology, Harvard Medical School, Boston, MA 02115, USA / Division of Gastroenterology, Hepatology, and Nutrition, Boston Children’s Hospital, Boston, MA 02115, USA / Harvard Stem Cell Institute, Cambridge, MA 02138, USA

  • Journal and Reference: Cell. 2020 May 28; 181(5): 1016–1035.e19
  • doi: 10.1016/j.cell.2020.04.035
  • number of cells
  • total: n.a.
  • sample donors
  • donors: n.a.
  • samples: n.a.
  • sequencing approach(es): scRNA-seq
  • First author(s): Nathan R. Tucker, Mark Chaffin
  • Contact person(s):

Patrick T. Ellinor, The Broad Institute of MIT and Harvard, 75 Ames Street, Cambridge, MA 02142

  • Journal and Reference: Circulation. 2020;142:708–710
  • doi: 10.1161/CIRCULATIONAHA.120.047911
  • number of cells
  • total: n.a.
  • sample donors
  • donors: 42
  • samples: n.a.
  • sequencing approach(es): bulk RNA-seq and snRNA-seq
  • First author(s): Linh T. Bui, Nichelle I. Winters
  • Contact person(s):

Nicholas E. Banovich, Translational Genomics Research Institute, Phoenix, AZ, USA

  • Journal and Reference: Nature Communications. Volume 12, Article number: 4314 (2021) 
  • doi: 10.1038/s41467-021-24467-0
  • number of cells
  • total: 611,398 (healthy and chronic lung disease lungs)
  • sample donors
  • donors: n.a.
  • samples: 210
  • sequencing approach(es): scRNA-seq
  • First author(s): Christoph Muus, Malte D. Luecken, Gökcen Eraslan, Lisa Sikkema, Avinash Waghray, Graham Heimberg, Yoshihiko Kobayashi, Eeshit Dhaval Vaishnav, Ayshwarya Subramanian, Christopher Smillie, Karthik A. Jagadeesh, Elizabeth Thu Duong, Evgenij Fiskin, Elena Torlai Triglia, Meshal Ansari, Peiwen Cai, Brian Lin, Justin Buchanan, Sijia Chen, Jian Shu, Adam L. Haber, Hattie Chung, Daniel T. Montoro
  • Contact person(s):

Christoph MuusView, Klarman Cell Observatory, Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA, USA / John A. Paulson School of Engineering and Applied Sciences, Harvard University, Cambridge, MA, USA

Malte D. Luecken, Institute of Computational Biology, Helmholtz Zentrum München, Neuherberg, Germany

  • Journal and Reference: Nature Medicine. Volume 27, pages 546–559 (2021)
  • doi: 10.1038/s41591-020-01227-z
  • number of cells
  • total: 1,320,896 (nasal, airway and lung parenchyma)
  • sample donors
  • donors: 228
  • samples: 377
  • sequencing approach(es): scRNA-seq and snRNA-seq
  • First author(s): Waradon Sungnak, Ni Huang, Christophe Bécavin
  • Contact person(s):

Waradon Sungnak, Wellcome Sanger Institute, Cambridge, UK

  • Journal and Reference: Nature Medicine. Volume 26, pages 681–687 (2020)
  • doi: 10.1038/s41591-020-0868-6
  • tissues: respiratory tree, cornea, retina, esophagus, ileum, colon, heart, skeletal muscle, spleen, liver, placenta/decidua, kidney, testis, pancreas, prostate gland, brain, skin and fetal
  • sequencing approach(es): scRNA-seq