GHGA Vorlesungsreihe: William Rayner (virtuell)

• 26 Sep 2022

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Doktor William Rayner vom Institut für Translational Genomics der Helmholtz Zentrum München sprach am 26. September 2022 im Rahmen der GHGA-Vortragsreihe ("Advances in Data-Driven Biomedicine") über "Genomic federated data analyses".

Diesen Vortrag können Sie hier ansehen.

Abstrakt:

Angesichts des ständig wachsenden Volumens humangenetischer Daten und der zunehmenden Regulierung des Datenschutzes sind neue Lösungen erforderlich, um die Datenanalyse fortzusetzen und einen gesundheitlichen Nutzen für alle zu erbringen, ohne die Privatsphäre der teilnehmenden Personen zu beeinträchtigen.

Eine Lösung ist die vertrauenswürdige Forschungsumgebung, in der der Forscher zu den Daten kommt und nicht umgekehrt, so dass die Daten so analysiert werden können, dass die Privatsphäre der Teilnehmer gewahrt bleibt und die Probleme des Herunterladens und Speicherns großer Datenmengen vermieden werden. Dies kann jedoch zu Problemen führen, wenn versucht wird, Datensätze aus verschiedenen Ländern zu kombinieren, wie dies bei den vielen GWAS-Konsortien der Fall war, die mehrere neue assoziierte Loci ergeben haben.

Die Common Infrastructure for National Cohorts in Europe, Canada, and Africa (CINECA) ist ein H2020-Projekt, das an der Entwicklung eines auf den Standards der Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH) basierenden Rahmens für föderierte Analysen über Kontinente hinweg arbeitet. In diesem Vortrag wird Dr. Rayner über seine bisherigen Erfahrungen mit der föderierten genetischen Analyse von CINECA berichten und auf die Probleme eingehen, die auf dem Weg dorthin aufgetreten sind und überwunden wurden.

Biographie:

Dr. William Rayner ist Leiter der Data Informatics Gruppe am Institute of Translational Genomics am Helmholtz München und hat ein besonderes Interesse an allen Aspekten des Datenschutzes, föderierten Datensystemen und synthetischen Daten. Dieses Interesse wurde durch ein Praktikum am Baylor College of Medicine im Rahmen eines Studiums der Biochemie an der University of Bath geweckt. 

Nach seiner Promotion im Bereich der computergestützten Entwicklung von Proteinstrukturen an der Universität Leeds (Großbritannien) zog er nach Oxfordshire (Großbritannien), wo er für einige kleine Biotech-Unternehmen arbeitete. Nach einer kurzen Zeit in der er sein Haus renovierte, nahm er eine Stelle im Datenmanagement an der Universität Oxford an und arbeitete im Bereich Typ-2-Diabetes (T2D). Zunächst war er am internationalen Typ-2-Diabetes-1q-Projekt beteiligt, dann erweiterte sich seine Aufgabe auf die Verwaltung von über 70 Datensätzen zu allen Aspekten von Diabetes, diabetischen Komplikationen und vielen damit verbundenen Merkmalen.

Er hat an vielen großen GWAS-Projekten und Konsortien mitgewirkt, z. B. WTCCC, GIANT, MAGIC, DIAGRAM, DIAMANTE, GLGC, sowie an vielen anderen Gemeinschaftsprojekten wie den föderierten Knotenpunkten des Portals für häufige Stoffwechselerkrankungen. Er hat auch eine Reihe von frei verfügbaren Datensätzen und Tools entwickelt, wie z. B. die strand alignment data for Illumina and Affymetrix Genotyping arrays und die Tools zur Nutzung dieser Daten und zur Validierung von Datensätzen sowohl vor als auch nach der Dateneingabe.