1st BioHackathon Germany mit GHGA Beteiligung

Der 1. BioHackathon Germany, organisiert von de.NBI, fand in der zweiten Dezemberwoche 2022 sowohl persönlich in Wittenberg als auch online statt. Der Hackathon hatte das Ziel, Expert:innen für eine Woche zusammenzubringen und gemeinsam an Projekten aus den Bereichen Bioinformatik, Schulung und FAIR-Datenmanagement zu arbeiten.

Das GHGA-Team nahm an zwei verschiedenen Projekten teil. Bilge Sürün aus dem GHGA Workflows Team arbeitete an “(Bio)Schemas4NFDI” mit, während Julia Philipp aus dem GHGA Training Workstream an dem Projekt “Mapping the training journey in Bioinformatics" mitwirkte

“Mapping the training journey in Bioinformatics”

Ziel dieses Projekts war es, die Ausbildung in der Bioinformatik für Auszubildende und Ausbilder:innen zu erleichtern. Wir haben Fähigkeiten katalogisiert, die Menschen erwerben möchten, und sie mit geeigneten, bereits verfügbaren Schulungsmaterialien und Kursen abgeglichen. Die daraus resultierende Datenbank wird in eine interaktive Website verwandelt, auf der Ausbilder:innen und Auszubildende relevante Materialien entsprechend ihren Lernbedürfnissen abrufen können. Viele Ideen für die interaktive Visualisierung der Daten wurden während des Hackathons ausprobiert, aber leider reichte die Zeit noch nicht aus, um sie fertig zu stellen. Das Projekt ist öffentlich zugänglich und wird vom EMBL Bio-IT Team, dem GHGA Training Team und allen anderen interessierten Parteien weiter ausgebaut.

 

"(Bio)Schemas4NFDI - Schemas4GHGA"

Bioschemas ist ein Rahmen zur besseren Auffindbarkeit von Daten aus dem Bereich der Biowissenschaften durch die Förderung der Verwendung von Schema.org-Markup auf Webseiten. Die Indexierung von biowissenschaftlichen Daten in Suchmaschinen erfordert die sequentiellen Abbildung der entsprechenden strukturierten Information in standardisierten semantischen Webformaten. Im BioHackathon wurde untersucht, wie man GHGA-Datensätze in der Suchmaschine Google Dataset auffindbar machen kann. Nachdem wir die Mindestanforderungen für die Ausgabe von Bioschemas identifiziert hatten, erstellten wir einen Querverweis, um Metadaten von Datensätzen als Bioschema-Entität darzustellen. Wir konzentrierten uns auch auf die automatische Generierung der Informationsdarstellung direkt aus den mit LinkML modellierten Metadaten (YAML2Bioschemas). Aus Zeitgründen konnte unser YAML2Bioschemas-Projekt nicht abgeschlossen werden. Wir haben jedoch Verbindungen geknüpft, um gemeinsam an der Verbesserung der Auffindbarkeit von wissenschaftlichen Daten zu arbeiten.

Ein weiterer Höhepunkt war die öffentliche Vorführung des GHGA Metadata Training Webinars in einem der Seminarräume in Wittenberg!

Wir freuen uns, am ersten de.NBI-Biohackathon teilgenommen zu haben - nicht zuletzt wegen der gewonnenen Erfahrungen und Verbindungen - und können die nächste Veranstaltung kaum erwarten.