Start von CoFGen - Eine Datensammlung für die funktionelle Genomik in COVID-19

Die funktionelle Genomik ermöglicht es zu bestimmen, welche Gensequenzen zu einem bestimmten Zeitpunkt oder in Gesundheit und Krankheit transkribiert werden. So helfen die Transkriptomdaten von COVID-19-Patient:innen, Auswirkungen der Virusinfektion auf Immunzellen zu verstehen. Die Ergebnisse können genutzt werden, um neue Therapieansätze zu entwickeln.

Mit dem Ziel, die Forschung in diesen Bereichen voranzutreiben, wurde ein Datenportal für die funktionelle Genomik im Kontext von COVID-19 kreiert und nun veröffentlicht. Es demokratisiert und zentralisiert die Datenspeicherung und treibt die gemeinsame Nutzung von Daten zu Forschungszwecken weiter voran.

Die “COVID-19 Functional Genomics” (CoFGen) Datensammlung wurde von GHGA und Forschenden aus dem Forschungsbereich Systemmedizin am Deutschen Zentrum für Neurodegenerative Erkrankungen (DZNE) und dem Institut für Biowissenschaften und Medizin der Universität Bonn ins Leben gerufen. In enger Zusammenarbeit mit DeCOI sammelt CoFGen Transkriptomdaten, die im Zusammenhang mit der Untersuchung des Einflusses von COVID-19 auf das Immunsystem entstanden sind. Die Daten werden über eine Verknüpfung mit EGA oder über FastGenomics zur Verfügung gestellt.

Derzeit umfasst CoFGen zwölf Datensätze, von denen fünf bereits über FastGenomics, EGA oder beide verfügbar sind. Die Datensätze sind nach dem untersuchten Probentyp gruppiert: Blut, periphere mononukleäre Blutzellen, eine Kombination aus beidem oder andere Proben, wie Lungenepithel, bronchoalveoläre Lavage, Nasenepithel oder Herzmuskelproben.

Wenn Sie Ihre Bulk- oder Einzelzelldaten in CoFGen veröffentlichen möchten, wenden Sie sich bitte an Karoline Mauer oder Thomas Ulas.