nf-core ist eine von der Bioinformatik-Gemeinschaft getragene Initiative zur Bereitstellung einer kuratierten Sammlung von Workflows, die mit Nextflow entwickelt wurden. Diese Workflows sind so konzipiert, dass sie skalierbar, reproduzierbar und standardisiert sind, um hochwertige bioinformatische Analysen in verschiedenen Forschungsbereichen zu gewährleisten. Durch die Förderung von Zusammenarbeit und Best Practices trägt nf-core zur Vereinfachung der computergestützten Biologie- und Genomforschung bei.
GHGA arbeitet mit nf-core zusammen, um standardisierte Workflows zu entwickeln, zu pflegen und ihre Verwendung zu unterstützen. Anstatt unabhängig neue Workflows zu entwickeln, arbeitet GHGA mit nf-core und anderen relevanten Gemeinschaften zusammen, um bestehende Pipelines für die Verarbeitung genomischer und phänotypischer Daten zu verfeinern und anzupassen. Dadurch stellen wir sicher, dass die Workflows von GHGA mit weithin akzeptierten Standards übereinstimmen und gleichzeitig interoperabel und effizient bleiben.
Diese Zusammenarbeit trägt dazu bei, unsere Abläufe zu optimieren, Redundanzen zu vermeiden, die Nachhaltigkeit von Workflows zu verbessern und ein FAIR-konformes Datenanalyse-Ökosystem zu unterstützen. Durch die Integration mit nf-core trägt GHGA zur offenen Wissenschaft (Open Science) bei. Wir verbessern die Funktionalität und Benutzerfreundlichkeit von Workflows und erleichtern Forschenden die sichere und reproduzierbare Verarbeitung von Genomdaten.
Der Workshop befasst sich mit der bioinformatischen Verarbeitung von DNA-Methylierungsdaten, wie Vorbereitung der Rohsequenzen, Qualitätskontrolle und Verknüpfung der Ergebnisse mit öffentlichen Ressourcen. Der Workshop wird von GHGA mitorganisiert.
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In einer aktuellen Veröffentlichung stellen das Next Generation Sequencing Kompetenznetzwerk (NGS-CN) und GHGA gemeinsam NCBench vor – eine Plattform für das kontinuierliche Benchmarking der Bestimmung von genomischen Varianten.
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Mit der aktiven Teilnahme an zwei Konferenzen im September, CoRDI und GCB, vertieften GHGA Mitglieder die Kontakte zu den Forschungsdateninfrastruktur- und Bioinformatik- Communities.
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