nf-core ist eine von der Bioinformatik-Gemeinschaft getragene Initiative zur Bereitstellung einer kuratierten Sammlung von Workflows, die mit Nextflow entwickelt wurden. Diese Workflows sind so konzipiert, dass sie skalierbar, reproduzierbar und standardisiert sind, um hochwertige bioinformatische Analysen in verschiedenen Forschungsbereichen zu gewährleisten. Durch die Förderung von Zusammenarbeit und Best Practices trägt nf-core zur Vereinfachung der computergestützten Biologie- und Genomforschung bei.
GHGA arbeitet mit nf-core zusammen, um standardisierte Workflows zu entwickeln, zu pflegen und ihre Verwendung zu unterstützen. Anstatt unabhängig neue Workflows zu entwickeln, arbeitet GHGA mit nf-core und anderen relevanten Gemeinschaften zusammen, um bestehende Pipelines für die Verarbeitung genomischer und phänotypischer Daten zu verfeinern und anzupassen. Dadurch stellen wir sicher, dass die Workflows von GHGA mit weithin akzeptierten Standards übereinstimmen und gleichzeitig interoperabel und effizient bleiben.
Diese Zusammenarbeit trägt dazu bei, unsere Abläufe zu optimieren, Redundanzen zu vermeiden, die Nachhaltigkeit von Workflows zu verbessern und ein FAIR-konformes Datenanalyse-Ökosystem zu unterstützen. Durch die Integration mit nf-core trägt GHGA zur offenen Wissenschaft (Open Science) bei. Wir verbessern die Funktionalität und Benutzerfreundlichkeit von Workflows und erleichtern Forschenden die sichere und reproduzierbare Verarbeitung von Genomdaten.
Eine neue Publikation mit GHGA-Beteiligung stellt nf-core/sarek 3 vor, eine umfassende Pipeline zur Variantenerkennung und Annotation, die sowohl für Keimbahn- als auch für somatische Proben geeignet ist.
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Das Vergleichen von kurzen pathogenen und strukturellen Varianten kann eine Herausforderung sein. Mit Hilfe der innovativen SeraSeq Technologie startet GHGA in Zusammenarbeit mit dem NGS-CN eine neue Initiative zum Benchmarking von NGS-Pipelines.
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Die GHGA beteiligte sich am de.NBI/ELIXIR-Germany Spatial Hackathon 'SpaceHack2.0' und förderte das Community-getriebene Benchmarking.
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